核电站设有废物处理系统，将日常运行过程中所产生的气体及液体废物，视乎其特性和放射性，作妥善处理，包括过滤、净化、贮存、衰变及稀释等过程。待其放射性减至极低水平，在不超越规定的允许值的情况下向外排放。气体废物经过处理后循烟囱向环境释放。液体废物先经过处理，再与核电站内循环冷却水混合及稀释，然后直接排放出大海。

 核电站的固体核废物完全不向环境排放。固体废物一般分为低、中、高三种放射性水平。低放射性废物包括受到轻微辐射污染的日常废物，例如纸张、手套、塑胶容器、用完即弃的罩衣和套鞋。低放射性废物会被压缩及装入金属罐内，加以密封。中放射性废物包括在废气及废液处理过程或维修工作中，所收集的带辐射的树脂和化学沉淀物、过滤器等。中放射性废物会与沙和水泥混合，待其凝固后，便会倒进混凝土罐中。这些低放射性及中放射性固体废物会暂时存放在核电站内，最后送往地下浅层废物库或地面废物库贮存及埋藏。

 在换料检修期间自反应堆取出的已消耗的燃料组件(即乏燃料)，属于高放射性废物，包含具高度辐射性的裂变产物和有长衰变期的放射性核素。“乏燃料”会放在燃料厂房内水池中贮存约十年，进行冷却排除余热，以及待其放射性因衰变而随时间减退后，再运往西北偏远地区进行后处理或埋藏于地下深层的高放射性废物贮存库内。